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探针设计与定制化

Probe Design and Customization


  QKGEN®探针设计平台是基于多因素算法并采用“感知算法”的探针设计方案,对目标区域进行多层探针设计。探针使用生物素标记的NTP和核酸类似物作为合成原料,制备出的特异性探针能够与目标基因组文库进行液相快速杂交,杂交完成后使用链霉亲和素磁珠来结合探针及目标区域文库的杂交产物,将捕获得到的目标区域文库富集后测序。

  该平台基于热力学稳定性和AI机器学习进行设计及优化,充分考虑重复序列区覆盖与捕获效率的平衡,实现任意物种、任意区域定制设计,保证设计精准、高效。


        QKGEN® Probes 定制探针方案是齐凯基因打造的一项根据客户感兴趣的区域来设计捕获探针组的灵活、友好的一站式服务,涵盖从探针设计、生产合成、质检及优化的全流程。通过严格品质控制和优化的 NGS QC 服务,可为客户提供高质量定制化杂交捕获解决方案,覆盖区域包括编码区、非编码区、点突变 (SNV)、插入/缺失 (indel)、拷贝数变异 (CNV) 、微卫星不稳定性 (MSI)、结构变异等。

        靶向捕获技术在医学和生物学研究中均有广泛应用,包括临床辅助诊断、个性化用药指导、致病靶点筛选、药物开发、辅助生殖以及病原微生物和农牧业育种研究等。齐凯基因自主研发的QKGEN®探针设计平台具有以下特点:

        1、采用特殊算法,自动化设计最优探针组合

        2、提供更高的覆盖均一性和捕获效率

       3、自主记忆功能,导入目标区域即可识别是否含有复杂的难捕获区域,针对这部分区域单独优化,或者自主给出排除建议,减少探针设计的难度和强度,节省设计时间。



注:Green绿色为保留探针,Yellow黄色为风险探针,Red红色为建议去除探针

       4、严格的质控体系,每条探针独立合成独立质检,准确率高,批次稳定。 

      5、灵活定制,随时Spike-in各种应用的探针。 

      6、一经定制,齐凯可同时提供靶向捕获整套解决方案。

 

探针定制流程:


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定制外显子区域提供基因名称

定制SNP提供rs号

直接提供染色体区间chr-start-end